Колледж ведёт свою историю с 1959 года, когда по решению Министерства здравоохранения СССР Московское медицинское училище было передано в ведение Академии медицинских наук СССР с переименованием в Медицинское училище Академии медицинских наук СССР. Первый выпуск состоялся в 1963 году.

В 1992 году Медицинское училище получило статус Медицинского колледжа Российской академии медицинских наук.

В ноябре 2014 года колледж перешел в непосредственное подчинение Федерального агентства научных организаций (ФАНО) и был переименован в Федеральное государственное бюджетное профессиональное образовательное учреждение «Медицинский колледж».

С 2018 года колледж перешёл в подчинение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (Минобрнауки России).

В течение всего времени главной задачей ФГБПОУ «Медицинский колледж» являлась целенаправленная подготовка и воспитание специалистов сестринского дела и лабораторной диагностики.